2049年，纳米科技登峰造极，比细胞更小的微型机器人可以进入人体血液，执行医疗。但它可以救人，也可以杀人。各国争先恐后发展纳米武器，全球逐渐陷入纳米战争的阴影。
在美国，资深参议员瑟曼先警觉到纳米战争一触即发。为了巩固权势，瑟曼开始秘密操作一个遍及全球的毁灭计划:让大气中弥漫无以计数的纳米机，在不知不觉中杀死人类。人类灭绝后，只剩瑟曼建立的象征美国五十个州的五十座地堡，几万人像种子一样被储存在地堡里，繁衍生息。
不知情的唐纳德成为了该计划中设计地堡内部设施的重要人员。然而在轮值中，他逐渐发现了这一切都出自瑟曼的阴谋，揭开了真相。但地堡仍旧被保存了下来。
